Il percorso museale si compone di quattro livelli all’interno di quella che una volta era la dimora del Capitano.
Il primo ambiente che si trova è la Cappella dedicata a San Giorgio, con planimetria rettangolare coperta da una volta a crociera suddivisa in quattro vele che poggiano su piccole teste in pietra. Al centro della volta c’è lo stemma dell’Imperatore Federico III, colui che commissionò la cappella e la volle intitolare a San Giorgio in segno della sua devozione.
Salendo invece una maestosa scala in pietra a doppia rampa elicoidale che si sviluppa per l’intera altezza della casa del Capitano, alle cui pareti risaltano in esposizione una serie di armi in asta del XVI e XVII secolo, si accede all’antisala ed alla sala Caprin.
Quest’ultima sala è stata allestita per ospitare appositamente gli arredi acquistati dagli eredi del giornalista Giuseppe Caprin, la cui casa era stata nell’Ottocento un salotto di italianità e cultura. L’ambiente, che vuole rievocare gli splendori della famosa Sala Veneta di Casa Caprin, ospita eleganti cassapanche nuziali, seggioloni e mobili risalenti al XVII secolo ed è dominato dall’enorme tela sul soffitto che raffigura “Il trionfo di Venezia”.
Da una piccola stanza adiacente la sala Caprin, si sale ai camminamenti di ronda al coperto del secondo piano in cui è collocata l’Armeria, dove troviamo una serie di armi acquistate o donate da collezionisti privati esposte nell’intento di dare un’idea dell’evoluzione degli armamenti in Europa tra il XVII ed il XIX secolo.
L’esposizione è articolata secondo una classificazione per tipi:
Le stanze adiacenti ai camminamenti di ronda ed all’interno della torre sono infine tutto ciò che resta dell’antica dimora del Capitano imperiale:
Un breve cenno per finire al "Melone" di Trieste, collocato davanti all'ingresso al Civico Museo, tradizionale simbolo della città unitamente all'alabarda. Trattasi di un elemento in arenaria modellato in dodici costole simili appunto a spicchi di melone, alto 1,13 metri e sulla cui estremità è posizionata l'alabarda di San Sergio.
Esso fu collocato nel 1343 sulla sommità del campanile della Cattedrale di San Giusto, per essere rimosso nel 1422 a seguito di lesioni subite dalla copertura della torre campanaria. Il "Melone" venne quindi posizionato sul muretto circostante la piazza della Cattedrale, ove vi rimase fino alla fine del 1800, quando entrò a far parte della collezione del Museo.